Cái tên của huyện này nghĩa là "rồng giao nhau", được truyền thuyết cho là vì một con rồng đã xuất hiện trên mặt sông ngay khi thành phố này được thành lập[1].

Có ý cho rằng, vào khoảng thế kỉ thứ 6, nó được biết đến qua cái tên Long Uyên (龍淵)[2]. Tuy nhiên, các mục địa lý trong các sách cổ Hậu Hán thư, Tống thư không có chi tiết này, mà tên gọi Long Biên vẫn tồn tại ngay từ thời Hán.[3][4] Năm 621, Long Biên được đổi thành Long Châu (龍州), gồm hai huyện Bình Lạc, Vũ Ninh. Năm 627, đổi về Long Biên như cũ.[5]

Về sau, Long Biên thường hay được gọi bằng cái tên La Thành (羅城) do đặc tính có thành bao quát của nó[1].